Испания, 1944 год. Среди густых лесов северной Наварры разворачивается жестокая борьба между повстанцами и фашистскими силами. В это неспокойное время десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает отчим Офелии, капитан Видаль — безжалостный офицер армии Франко, чья единственная цель — уничтожить повстанцев, невзирая на потери. Офелия, увлеченная сказками и фантазиями, находит поблизости древний заброшенный лабиринт, который становится для нее порталом в иной мир.
Внутри лабиринта девочку встречает фея, которая приводит её к Фавну, хранителю подземного царства. Фавн открывает Офелии удивительную тайну: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую её отец искал на протяжении многих веков. Чтобы вернуться домой и занять своё законное место, Офелия должна пройти три испытания до наступления полнолуния. Но есть одно строгое условие — никто не должен узнать о её миссии, иначе всё будет потеряно.